Erik Lundkvist blev efter studier vid Kungliga Musikhögskolan i Stockholm och utomlands organist i Gustaf Vasa kyrka 1971 (en tjänst han hade till 2005). 1971 blev han också Stockholms Konserthus organist.

Lundkvist har bedrivit en omfattande konsertverksamhet i Europa, forna Sovjetunionen, USA, Kanada och på Balkan i Kroatien och Bosnien. Han har alltid vid sina konserter framfört representativ svensk orgelmusik av tonsättare som exempelvis Daniel Börtz, Otto Olsson, Bengt Hambræus, Torsten Nilsson och Siegfried Naumann.

Många uruppföranden av svenska verk har ägt rum i Konserthuset, bland annat orgelkonserter av Lars-Erik Rosell och Anders Nilsson. Lundkvist är sedan 1973 konstnärlig ledare för Stockholms Orgelfestival och ofta anlitad som jurymedlem vid internationella orgeltävlingar.

Han är ledamot av FST (Föreningen Svenska Tonsättare) och ledamot av Kungliga Musikaliska Akademien sedan 1983. Sedan 1999 är han ordförande i Musikaliska Konstföreningen. För flera av sina inspelningar har han fått både svenska och internationella priser.